庄刚
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：上海大学理学院更多>>
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- 生化反应系统的加速τ-Leap模拟算法
- 2011年
- 该文重新定义了临界反应,以更合理地界定可能出现负分子组分的反应.在此基础上提出了加速τ-leap算法,使系统中某些反应物数目较少时也可以采用τ-leap方法进行模拟,同时提高了模拟速度.以两个生化反应系统模型为例,分别用精确的随机模拟算法、修正τ-leap算法和加速τ-leap算法进行模拟运算,结果表明加速τ-leap算法在保证精度的同时能有效提高模拟速度.
- 衣娜庄刚王翼飞
- 关键词：随机模拟算法生化反应系统
- 多重时滞生化反应系统的MD-Leaping算法
- 2013年
- 针对多重时滞生化反应系统,提出MD-Leaping模拟算法,该算法能快速有效地刻画封闭系统中生化反应的进程和结果.相较于D-Leaping算法,针对单时滞反应建立以反应序列为主体的四元结构体,该算法通过对多重时滞反应系统建立以不同时滞时间为主体的四元结构体,使得在每一个跳跃时间步长内可以同时模拟多个生化反应,提高了模拟速度.该算法拓展D-Ieaping算法,并首次解决多重时滞生化反应系统的加速模拟问题.通过对2个具体生化反应系统的模拟表明,该算法可以广泛地应用于多重时滞生化反应系统,并且与已有的多重时滞系统非跳跃方法(multi-delay stochasticsimulation algorithm,MDSSA)相比,其运行效率有显著提高.
- 庄刚衣娜答亮王翼飞
- 关键词：随机模拟算法生化反应系统
