景燕娟
- 作品数：4 被引量：12H指数：2
- 供职机构：中国水产科学研究院珠江水产研究所更多>>
- 发文基金：广东省科技计划工业攻关项目引进国际先进农业科技计划公益性行业(农业)科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 大口黑鲈两个亚种EST数据库分析被引量：5
- 2012年
- 应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈(Micropterus salmoides)北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5bp和304.4bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6bp和588.2bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene Ontology(GO)信息,对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘,发现了含SSRs和SNPs的序列分别为25 469和8 547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较,结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。
- 景燕娟白俊杰李胜杰于凌云蔡磊
- 关键词：大口黑鲈表达序列标签
- 大口黑鲈两个亚种EST库分析
- 本研究应用新一代高通量测序技术Roche454对大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTS数据库,结果得到北方亚种和佛罗里达亚种EST序列分别是468671和332322条,平均长度分别是306.5bp和...
- 景燕娟白俊杰李圣杰于凌云蔡磊
- 关键词：大口黑鲈ESTSSRSNP
- 文献传递
- 大口黑鲈EST数据库分析及与生长相关的分子标记筛选
- 大口黑鲈是遗传研究和基因信息比较缺乏的物种。目前大口黑鲈可利用的有效标记数量有限,建立表达序列标签(EST)数据库,为SSR和SNP的开发提供了新的途径。本研究应用高通量罗氏454测序技术对大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种...
- 景燕娟
- 关键词：大口黑鲈转录组测序生长性状分子标记
- 文献传递
