姚栋
- 作品数：37 被引量：111H指数：6
- 供职机构：长沙市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金长沙市科技计划项目国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学轻工技术与工程经济管理更多>>
- 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA及NS基因进化分析被引量：4
- 2017年
- 目的分析2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)及非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进化特征。方法从2014年长沙市活禽市场采集501份环境标本,利用Real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,并对单一H5阳性标本进行核苷酸测序,病毒HA、NA和NS基因测序结果进行在线BLAST分析,利用Mega5和Bioedit软件构建核苷酸进化树和氨基酸(Amino acids,aa)比对。结果从501份环境标本中检出A型H5亚型病毒阳性标本177份(检出率35.33%),其中8份标本经核苷酸测序鉴定为H5N1亚型病毒,进化分析表明大部分H5N1病毒HA基因位于2.3.2分支内,聚集形成一个新亚分支,NA及NS基因位于2.3.2.1b亚分支。HA蛋白受体结合位点aa为QSG,表现为禽流感病毒受体特征;NA蛋白未出现H275Y及N295Saa替换,对神经氨酸酶抑制剂敏感;HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为高致病性的分子特征。结论 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA和NS基因表现为高致病性的分子特征,但不具有对人易感的受体特征,需要进一步监测。
- 张如胜孙边成姚栋叶文陈静芳黄政刘晓蕾欧新华陈发明
- 关键词：活禽市场禽流感病毒H5N1亚型基因
- 10种食源性疾病病原体高通量LAMP分子鉴别检测体系的建立及应用被引量：3
- 2011年
- 目的建立一种LAMP分子鉴别检测体系,应用于10种食源性疾病病原体的分子鉴别检测。方法针对8种细菌（沙门菌属、志贺菌属、金黄色葡萄球菌、副溶血性弧菌、EHEC O157：H7、奇异变形杆菌、霍乱弧菌和单增李斯特菌）和2种病毒（Norwalk病毒和轮状病毒）分别建立LAMP和RT-LAMP方法,分别对25种常见肠道细菌和病毒进行LAMP扩增,水浴箱内65℃扩增60 min（LAMP）或120 min（RT-LAMP）,扩增完成后利用电泳和肉眼进行结果判断。对365份食源性疾病患者呕吐物、肛拭子和食品等标本进行10种食源性疾病病原体LAMP分子检测。结果 10种食源性疾病病原体LAMP或RT-LAMP方法均只对靶病原体出现阳性结果,电泳显示为LAMP特异性梯状条带,加SYBRGreen I后肉眼观察反应液变为绿色;8种细菌性病原体LAMP检测方法的敏感度为3×100~1.2×102cfu/ml,其中6种LAMP方法敏感度高于PCR方法,其他病原体（霍乱弧菌、EHEC O157：H7、Norwalk病毒和轮状病毒）敏感度与PCR方法相同。从365份标本中检出沙门菌属11份、志贺菌属6份、金黄色葡萄球菌13份、EHEC O157：H7 2份、副溶血性弧菌2份、单增李斯特菌2份、Norwalk病毒12份和轮状病毒7份。结论建立了一个较为完整的LAMP分子鉴别检测体系,可以在一台水浴箱内同时对10种食源性疾病病原体进行高通量的分子鉴别检测,具有快速、不需要特殊仪器和肉眼判断结果的优势,适合基层单位的实验室开展食源性疾病的分子鉴别诊断。
- 孙边成张如胜宋克云欧新华姚栋苏良叶文陈法明
- 关键词：食源性疾病病原体环介导等温扩增高通量
- 多重PCR快速检测3种致泻性大肠埃希菌方法的建立被引量：8
- 2015年
- 目的利用多重聚合酶链反应(PCR)技术,建立一种可以同时快速检测肠致病性大肠埃希菌(EPEC)、肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)、肠出血性大肠埃希菌(EHEC)3种致泻性大肠埃希菌的多重PCR方法。方法根据EPEC的eae基因、EIEC的ipaH基因、EHEC的stx1基因筛选设计引物,建立多重PCR检测体系,并对PCR反应体系和条件进行优化。结果设计的3对PCR引物均能特异地扩增出相应的目的基因,该多重PCR体系能同时检测3种目的菌,特异度强。结论初步建立了一种能够同时快速检测3种致泻性大肠埃希菌的多重PCR检测方法,可用于食品安全及食物中毒事件的快速筛查。
- 姚栋张如胜欧新华
- 关键词：致泻性大肠埃希菌多重聚合酶链反应
- 长沙市公共场所集中空调通风系统嗜肺军团菌污染状况及控制污染效果评价被引量：4
- 2013年
- 目的为了解长沙市公共场所集中空调通风系统的嗜肺军团菌污染现状,为更好的提出控制措施提供依据。方法 2007、2010年对长沙市宾馆、商场使用的集中空调通风系统的冷却水、冷凝水进行随机采样,检测嗜肺军团菌。结果 2007年嗜肺军团菌检出率43.9%,冷却水的检出率58%,冷凝水未检出(P<0.01)。I型嗜肺军团菌比例较高,占77.8%,2-14型22.2%。2010年检出率18%,冷却水的检出率24.3%,冷凝水检出率5.5%,I型嗜肺军团菌90%,2-14型10%。结论加强监督,定期进行清洗,可降低公共场所集中空调通风系统的军团菌污染的风险。
- 罗美华颜丹红姚栋
- 关键词：嗜肺军团菌公共场所集中空调通风系统冷凝水控制污染
- 长沙市诺如病毒暴发疫情中GⅡ.2[P16]型全基因组分子进化特征分析
- 2022年
- 目的 对长沙市2020年急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒GⅡ.2[P16]型进行全基因组序列测定以及遗传进化特征分析。方法 采集2020年诺如病毒暴发疫情标本,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增开放阅读框(ORF)1和ORF 2连接区进行分型鉴定。GⅡ.2[P16]型阳性标本在二代测序Miseq平台进行测序。测序结果进行序列比对及进化分析。结果 2020年本市共发生诺如病毒暴发疫情29起,共采集标本277份,阳性检出率为44.04%(122/277)。分型鉴定发现诺如病毒GⅡ.2[P16]型占比45.08%(55/122)。从疫情分布月份和机构来看,9—12月为暴发高峰,疫情发生在幼儿园和学校占比89.66%(26/29)。对53份GⅡ.2[P16]型ORF1和ORF2连接区序列进行进化树分析发现毒株处于多个分支,序列之间的同源性为98.5%~100%。对4株GⅡ.2[P16]型全基因组序列进行同源性比较发现毒株之间的同源性为98.5%~99.5%,与GⅡ.2[P16]2016-2017(KY771081)毒株同源性为97.9%~98.2%,进化树处于不同亚分支。RdRp区域氨基酸位点发生T396A和T464A突变,HBGA结合位点保守未发生突变。结论 长沙地区诺如病毒暴发疫情中以GⅡ.2[P16]型突变株传播为主,毒株由GⅡ.2[P16]2016-2017持续传播进化而来,并进化为另一个分支。本地区暴发的诺如病毒疫情主要发生在学校以及幼托机构,应持续加强对诺如病毒的监测。
- 欧新华徐明忠黄政李灵之肖姗姚栋
- 关键词：诺如病毒全基因组序列
- 2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析被引量：8
- 2017年
- 目的了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持。方法对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建。结果从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12%,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33%),H7亚型核酸阳性11份(2.20%),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57%)。部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIV HA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98(F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptor binding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu(L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征。结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要进一步加强监测。
- 张如胜姚栋叶文陈静芳黄政刘晓蕾陈田木欧新华孙边成
- 关键词：禽流感病毒H9N2亚型进化分析
- 第四代HIV初筛试剂在血液筛检中的应用评价被引量：6
- 2012年
- 目的对第四代HIV初筛试剂在血液筛检中的应用进行评价。方法分别用第三代和第四代HIV初筛试剂对血液中心送检的333份献血者血液标本(S/CO≥0.6)进行检测,对初筛结果阳性或可疑的标本用HIV抗体确证实验(免疫印迹法)进行确认,根据检测结果对第三代和第四代初筛试剂进行比对,评价第四代初筛试剂的应用效果。结果利用第四代初筛试剂从333份血液标本中筛检出阳性82例,阳性率为24.6%(82/333),第三代初筛试剂阳性40例,阳性率为12.0%(40/333);利用免疫印迹法从82份第四代HIV试剂筛检阳性标本中检出HIV抗体阳性26例,HIV抗体不确定18例,从40份第三代HIV试剂筛检阳性标本中检出HIV抗体阳性26例,HIV抗体不确定7例,第四代HIV试剂初筛的标本HIV抗体不确定结果多于第三代HIV初筛试剂。结论第四代HIV初筛试剂在HIV早期或近期感染中可以在一定程度上缩短"窗口期",增加HIV的检出率,建议血液中心继续利用第四代HIV初筛试剂对献血者进行血液筛查。
- 姚栋肖姗张如胜欧新华
- 关键词：P24抗原
- 2016年长沙市重组诺如病毒引起的胃肠炎暴发疫情调查被引量：2
- 2018年
- 目的了解2016年长沙市诺如病毒引起的2起胃肠炎暴发疫情特征。方法采集腹泻患者肛拭子或粪便标本,提取核酸后采用实时荧光RT-PCR检测诺如病毒GI/GII型;采用特异性引物分别扩增病毒ORF1、ORF2、ORF1-ORF2连接区,测序后,通过BLAST比对和NoV typing online tool确定病毒基因型别,采用MEGA 5.0软件进行序列比对和系统进化分析。结果两起疫情均发生在幼儿园,患儿均集中在其中一个班级,临床特征以呕吐、腹痛腹泻为主。实时荧光RT-PCR检测共有5份标本为诺如病毒GII型阳性,分子分型显示其中一起疫情2份阳性标本为GII.p12/GII.3重组型,系统进化分析该毒株与中国北京、无锡及日本、泰国等分离的GII.p12/GII.3重组型诺如病毒同源性为94%-99.5%。另一起疫情3株阳性标本为GII.p16/GII.2重组型诺如病毒,分子进化显示该毒株与同时期中国、日本、德国、法国等地暴发流行的GII.p16/GII.2重组型诺如病毒同源性为98%-99.5%。结论 2016年长沙市出现GII型诺如病毒引起的胃肠炎疫情暴发流行,且病毒存在抗原重组,其中GII.p16/GII.2重组型病毒已造成全球范围内的暴发流行,应加强其病原学监测和分析。
- 陈静芳姚栋张如胜欧新华赵锦李灵之孙边成
- 关键词：诺如病毒胃肠炎
- 3株人源猪链球菌2型湖南株cps2J、gdh、ef基因进化分析被引量：1
- 2013年
- 目的对3株人源猪链球菌2型(S.suis 2)湖南株(HNCS201001、HNCS201101、HNCS201102)cps2J、gdh、ef基因进行序列测定和进化分析,了解其变异和进化状况,为人感染S.suis疫情的防控提供数据。方法设计S.suis 2 cps2J、gdh、ef基因PCR引物,对HNCS201001、HNCS201101、HNCS201102株进行PCR扩增和序列测定,测序结果利用Lasergene和Mega5软件进行分析。结果 cps2J、gdh、ef基因包含的完整开放阅读框(ORF)分别为999bp、1 347bp、2 532bp,分别编码333、448、843个氨基酸。在线BLAST同源性分析表明,HNCS201001、HNCS201101、HNCS201102株属于S.suis 2,3菌株cps2J、gdh、ef基因组序列之间的核苷酸同源性均为100%;进化树显示,HNCS201001、HNCS201101、HNCS201102株与国内外猪源和人源S.suis 2菌株属于同一分支,同源性比较显示3株S.suis 2湖南分离株cps2J、gdh、ef基因与其他国内外S.suis株核苷酸序列同源性分别为99.8%～100%、96.4%～100%和99.7%～100%,氨基酸同源性分别为98.5%～100%、98.7%～100%和99.5%～100%。结论 3株人源S.suis 2湖南株cps2J、gdh、ef基因序列与国内外S.suis 2菌株相应基因序列同源性高,变异程度小。
- 欧新华张如胜苏良杨柳青肖姗姚栋宋克云孙边成
- 关键词：猪链球菌2型进化分析
- 一起诺如病毒GⅡ.17型引起的急性胃肠炎病原学诊断及基因特征分析被引量：15
- 2016年
- 目的对长沙市2014年12月某厂区暴发的一起急性胃肠炎疫情进行病原学诊断及对其致病原进一步的基因分型研究。方法共采集6例病人肛拭子标本和可疑水源标本4份,提取核酸后,诺如病毒GI/GII型real-time RT-PCR试剂盒检测;阳性标本普通RT-PCR扩增VP1基因片段,产物测序后BLAST比对确定其型别,并构建进化树分析其进化关系。结果 10份标本real-time RT-PCR扩增结果显示为诺如病毒GII型,VP1区片段RT-PCR扩增后产物测序,BLAST比对发现与2014年香港诺如病毒株GII/Hu/HKG/2014/GII.17/CUHK-NS-463同源性最高,达99%,证实为诺如病毒GII.17型;构建系统进化树分析显示本次疫情分离的毒株与日本、香港、台湾等亚洲地区的毒株亲缘关系更为接近,而与美国、法国等地区的毒株亲缘关系则较远。结论诺如病毒是引起此次急性胃肠炎疫情的病原体,且引起暴发的病毒株属于GII.17型。
- 姚栋陈静芳叶文欧新华
- 关键词：诺如病毒胃肠炎分子分型
