黄政
- 作品数：31 被引量：86H指数：6
- 供职机构：长沙市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金长沙市科技计划项目湖南省医药卫生科研计划课题更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学经济管理更多>>
- 长沙市2013—2016年HFMD重症病例肠道病毒谱及其基因特征被引量：8
- 2018年
- 目的了解2013年至2016年长沙市手足口重症病例感染柯萨奇病毒A组6型(CAV 6)和柯萨奇病毒A组10型(CAV 10)肠道病毒的流行趋势,并对其VP1基因进化概况进行分析。方法运用描述性统计学分析方法对全市重症手足口病流行病学资料进行整理。CAV 6和CAV 10型肠道病毒阳性咽拭子、肛拭子或粪便标本用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增VP1基因片段,序列比对后用MEGA软件构建进化树。结果 2013—2016年全市共检测111份重症手足口病例标本,肠道病毒阳性标本80份,检出率为72.07%。80份肠道病毒阳性标本中,CAV 6型10株,CAV 10型8株。核苷酸序列的同源性分析发现,CAV 6型肠道病毒核苷酸序列之间存在0.8%~6.6%的差异。CAV 10型肠道病毒核苷酸序列之间存在1.1%~5.6%的变化差异。8株CAV 6型毒株均位于D2分支,1株处于D1分支。6株CAV 10型毒株位于E分支。结论 CAV 6和CAV 10肠道病毒在基因水平并未发生明显突变。重症病例中出现CAV 6型和CAV 10型感染高峰年份,但2016年有所降低,应将CAV 6和CAV 10型肠道病毒纳入常规监测,降低手足口发病风险。
- 杨人贵孙边成欧新华黄政李灵之陈静芳
- 关键词：重症手足口病柯萨奇病毒
- 长沙市GI.6[P11]重组型诺如病毒引起的暴发疫情全基因组序列特征分析被引量：4
- 2021年
- 目的对长沙市2017年5月一起诺如病毒暴发疫情中的病毒基因型别进行鉴定,并对病毒全基因组序列特征进行分析。方法采集疫情中4份病例粪便标本和2份饮用井水标本,提取病毒核酸后实时荧光逆转录聚合酶链反应进行诺如病毒GI和GII型检测,逆转录聚合酶链反应扩增病毒开放阅读框(open reading frame,ORF),测定ORF1与ORF2连接区域序列并进行基因型别鉴定,应用二代测序技术对阳性标本进行全基因组序列测定和分析。结果采集的6份标本中有2份病例标本和1份井水标本诺如病毒GI型阳性,基于核酸序列的进化树分析发现ORF1区域序列位于GI.P11型别分支,ORF2区域序列位于GI.6型别分支。3份阳性标本毒株序列之间的同源性为99.8%~100.0%。全基因组序列毒株编号为Hu/CSNV0501/2017,基因组编码区全长为7602 bp。Simplot软件分析重组位点位于ORF1区域序列约5341 bp。结论本次疫情的传染源为井水污染传播,引起此次胃肠炎疫情的病原体为诺如病毒GI.6[P11]重组型。应加强对长沙市诺如病毒少见重组亚型的监测,为重组毒株的遗传进化和疫情防控提供参考。
- 彭芳姚栋叶文黄政陈静芳徐明忠
- 关键词：诺如病毒急性胃肠炎全基因组序列
- 2297份临床病例标本SARS-CoV-2核酸检测情况及病毒分子特征分析
- 2021年
- 目的分析2020年1—2月长沙市疾病预防控制中心微生物实验室收集的2 297份新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)核酸检测基本情况和病毒的分子特征。方法对2020年1月19日—2020年2月29日送至长沙市疾病预防控制中心微生物实验室的新冠肺炎疑似病例咽拭子或呼吸道标本提取病毒RNA,采用实时逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction, real-time RT-PCR)进行SARS-CoV-2核酸检测;检测阳性标本用SARS-CoV-2全基因组捕获试剂盒进行SARS-CoV-2核酸富集,采用Illumina Miseq测序平台进行病毒全基因组测序,运用SPAdes-3.13.0软件进行序列拼接。从GISAID数据库中下载SARS-CoV-2参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析。结果共检测临床疑似病例标本2 297份,其中SARS-CoV-2核酸阳性标本215份;阳性病例中,男性110例,女性105例,男女性别比为1.05∶1;40~<60岁年龄组核酸检测阳性率最高(11.35%),6岁以下儿童检出阳性率最低(5.49%)。阳性病例检出高峰为第5周(2020年1月26日—2月1日),后逐渐减少,2020年2月25日后无本土新增病例出现。共获得5条SARS-CoV-2全基因组序列,与武汉参考病毒毒株相比核苷酸突变位点数为4~6个,同源性均在99.90%以上;除C8782T、T28144C 2个突变位点外,其他位点突变仅出现一次,呈现随机性;系统进化分析显示5条序列与同时期国内流行序列高度同源,分属于L/B和S/A 2个基因型。结论通过快速核酸检测和隔离等有效防控措施,长沙市本土SARS-CoV-2的流行在经历约2周的上升期后即开始下降,6周后再无新增确诊病例;全基因组序列分析发现2020年初长沙市流行的SARS-CoV-2与武汉首次报道的病毒高度同源,从输入到本土传播流行期间病毒未出现明显变异。
- 陈静芳徐明忠张如胜欧新华黄政姚栋
- 关键词：新型冠状病毒核酸检测全基因组测序分子特征
- 流感、禽流感及肠道病毒的分子检测及进化分析
- 张如胜孙边成陈静芳欧新华姚栋黄政叶
- 该项目自2009年起，先后对季节性流感病毒（甲型H1N1流感、B型流感)、禽流感病毒（H5N1、H7N9、H9N2）和新型肠道病毒(CV-A16、CV-A10)等开展了分子检测及进化分析研究，在国内外率先建立了甲型H1N...
- 关键词：
- 关键词：禽流感病毒
- 长沙地区1株重组柯萨奇病毒A4基因型的全基因组序列分析被引量：2
- 2021年
- 目的对湖南省长沙市手足口病患儿咽拭子中分离的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株进行全基因组序列及分子进化特征分析。为手足口病的疫情防控提供理论数据支持。方法利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞对2019年6月长沙市常规监测的手足口病病例咽拭子标本进行病毒分离,提取病毒RNA序列进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),并利用Illumina二代测序技术对其进行全基因组序列测定,利用MEGA 6.0构建系统进化树,用BioEdit和Simplot软件进行重组和进化分析。结果手足口病患儿的咽拭子中分离的CV-A4毒株为1株重组毒株,毒株命名为S270/Changsha/CHN/2019(简称S270),序列全长为7454 bp。基于核苷酸序列的进化树结果表明,S270毒株的结构蛋白区域(P1)属于CV-A4分支,非结构蛋白区域(P2和P3)属于CV-A2分支。S270毒株与AY421762株(简称CV-A4代表株)对比,核苷酸序列P1区的同源性为85.05%;非结构蛋白P2和P3区的同源性为83.90%。全基因组氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为84.7%。VP1区氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为83.8%,氨基酸位点出现A55T和M229T两个突变。重组位点分析发现S270毒株全基因组重组位点发生在2B非结构蛋白区域,位于基因组序列位点约3849 bp位置。结论S270分离株属于CV-A4重组毒株,基因重组位点位于2B区内,属于GI基因群的GIB亚型。
- 欧新华黄政姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：基因重组全基因组序列
- 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA及NS基因进化分析被引量：4
- 2017年
- 目的分析2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)及非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进化特征。方法从2014年长沙市活禽市场采集501份环境标本,利用Real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,并对单一H5阳性标本进行核苷酸测序,病毒HA、NA和NS基因测序结果进行在线BLAST分析,利用Mega5和Bioedit软件构建核苷酸进化树和氨基酸(Amino acids,aa)比对。结果从501份环境标本中检出A型H5亚型病毒阳性标本177份(检出率35.33%),其中8份标本经核苷酸测序鉴定为H5N1亚型病毒,进化分析表明大部分H5N1病毒HA基因位于2.3.2分支内,聚集形成一个新亚分支,NA及NS基因位于2.3.2.1b亚分支。HA蛋白受体结合位点aa为QSG,表现为禽流感病毒受体特征;NA蛋白未出现H275Y及N295Saa替换,对神经氨酸酶抑制剂敏感;HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为高致病性的分子特征。结论 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA和NS基因表现为高致病性的分子特征,但不具有对人易感的受体特征,需要进一步监测。
- 张如胜孙边成姚栋叶文陈静芳黄政刘晓蕾欧新华陈发明
- 关键词：活禽市场禽流感病毒H5N1亚型基因
- 2013—2021年长沙市流感样病例暴发疫情流行病学特征及病原学特点分析被引量：1
- 2023年
- 目的分析2013—2021年长沙市流感样病例暴发疫情的流行病学特征及病原学特点,为制定流行性感冒(以下简称“流感”)防控策略提供科学依据。方法收集长沙市2013年1月1日—2021年12月31日流感样病例暴发疫情流行病学及病原学资料,对疫情的规模、发生时间、地区、场所和病原监测结果进行描述性分析。结果2013—2021年长沙市共报告163起流感样病例暴发疫情,报告发病病例8504例,平均罹患率为2.60%(8504/326872)。2019年报告数量最多,共81起(49.69%)。2013—2021年报告病例主要集中在冬春季节(11月—12月和1月、3月),构成比为85.89%,浏阳市和长沙县病例数构成比分别为39.26%和23.93%。疫情暴发病例主要发生在中、小学校,共151起(92.64%)。检测病原学标本1265份,阳性率为67.19%。2013—2021年流感阳性疫情154起,仅1种型别单独流行的年份为2015年的A(H3N2)型和2021年的B(Victoria)型,其他有流感疫情报告的年份均为A、B型别交替混合感染。结论2013—2021年长沙市冬春季中、小学校易发生流感样病例暴发疫情,应加强学校流感疫情监测,做到早报告、早隔离,开展学校宣教,提高流感疫苗接种率,使流感疫情得到有效控制。
- 李灵之肖姗裴瑞青黄政叶文姚栋
- 关键词：流感暴发疫情病原学监测流行病学特征
- 长沙市柯萨奇病毒A2型和A5型全基因组序列特征分析
- 2022年
- 目的 了解长沙市柯萨奇病毒A2型(coxsackievirus A2, CV-A2)和A5型(coxsackievirus A5, CV-A5)的序列分子特征及进化趋势。方法 采用二代测序技术获得CV-A2和CV-A5的全基因组序列,进行同源性和进化树分析,使用SimPlot查看毒株序列重组区域。结果 获得长沙市2019年手足口病常规监测病例中CV-A2和CV-A5毒株全基因组序列。CV-A2毒株命名为S281/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 422 bp。CV-A5毒株命名为S272/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 425 bp。CV-A2全基因组序列与国内CV-A2毒株进行同源性分析发现,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。CV-A2毒株与原型株Fleetwood(NC038306)相比同源性为79.20%,与湖北省CV-A2毒株(MN419014)同源性最高为95.60%,但非结构蛋白3C和3D区同源性最低,分别为90.51%和92.06%。进化树分析发现3C和3D区位于CV-A4分支。非结构蛋白区新增多个氨基酸突变位点,结构蛋白区氨基酸序列保守。基因重组分析发现CV-A2毒株在3C和3D区存在重组现象。对CV-A5全基因组序列分析发现,与国内CV-A5毒株相比,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。全基因组序列与CV-A5原型株Swartz(AY421763)相比同源性为80.7%,与澳大利亚毒株(MH111030)相比同源性最高为97.43%,进化树分析发现与MH111030位于同一分支,证明CV-A5为输入型毒株。CV-A5毒株结构蛋白区氨基酸序列保守。结论 长沙市CV-A2毒株为重组毒株,CV-A5毒株为国外输入型。本研究可帮助了解长沙地区CV-A2和CV-A5的全基因组特征,为了解柯萨奇病毒的进化趋势及遗传特征提供理论数据,以便及时有效地阻断疾病传播。
- 徐明忠黄政欧新华姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：全基因组序列基因重组
- 长沙市诺如病毒暴发疫情中GⅡ.2[P16]型全基因组分子进化特征分析
- 2022年
- 目的 对长沙市2020年急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒GⅡ.2[P16]型进行全基因组序列测定以及遗传进化特征分析。方法 采集2020年诺如病毒暴发疫情标本,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增开放阅读框(ORF)1和ORF 2连接区进行分型鉴定。GⅡ.2[P16]型阳性标本在二代测序Miseq平台进行测序。测序结果进行序列比对及进化分析。结果 2020年本市共发生诺如病毒暴发疫情29起,共采集标本277份,阳性检出率为44.04%(122/277)。分型鉴定发现诺如病毒GⅡ.2[P16]型占比45.08%(55/122)。从疫情分布月份和机构来看,9—12月为暴发高峰,疫情发生在幼儿园和学校占比89.66%(26/29)。对53份GⅡ.2[P16]型ORF1和ORF2连接区序列进行进化树分析发现毒株处于多个分支,序列之间的同源性为98.5%~100%。对4株GⅡ.2[P16]型全基因组序列进行同源性比较发现毒株之间的同源性为98.5%~99.5%,与GⅡ.2[P16]2016-2017(KY771081)毒株同源性为97.9%~98.2%,进化树处于不同亚分支。RdRp区域氨基酸位点发生T396A和T464A突变,HBGA结合位点保守未发生突变。结论 长沙地区诺如病毒暴发疫情中以GⅡ.2[P16]型突变株传播为主,毒株由GⅡ.2[P16]2016-2017持续传播进化而来,并进化为另一个分支。本地区暴发的诺如病毒疫情主要发生在学校以及幼托机构,应持续加强对诺如病毒的监测。
- 欧新华徐明忠黄政李灵之肖姗姚栋
- 关键词：诺如病毒全基因组序列
- 2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析被引量：8
- 2017年
- 目的了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持。方法对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建。结果从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12%,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33%),H7亚型核酸阳性11份(2.20%),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57%)。部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIV HA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98(F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptor binding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu(L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征。结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要进一步加强监测。
- 张如胜姚栋叶文陈静芳黄政刘晓蕾陈田木欧新华孙边成
- 关键词：禽流感病毒H9N2亚型进化分析
