李灵之
- 作品数：19 被引量：48H指数：4
- 供职机构：长沙市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 长沙市诺如病毒暴发疫情中GⅡ.2[P16]型全基因组分子进化特征分析
- 2022年
- 目的 对长沙市2020年急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒GⅡ.2[P16]型进行全基因组序列测定以及遗传进化特征分析。方法 采集2020年诺如病毒暴发疫情标本,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增开放阅读框(ORF)1和ORF 2连接区进行分型鉴定。GⅡ.2[P16]型阳性标本在二代测序Miseq平台进行测序。测序结果进行序列比对及进化分析。结果 2020年本市共发生诺如病毒暴发疫情29起,共采集标本277份,阳性检出率为44.04%(122/277)。分型鉴定发现诺如病毒GⅡ.2[P16]型占比45.08%(55/122)。从疫情分布月份和机构来看,9—12月为暴发高峰,疫情发生在幼儿园和学校占比89.66%(26/29)。对53份GⅡ.2[P16]型ORF1和ORF2连接区序列进行进化树分析发现毒株处于多个分支,序列之间的同源性为98.5%~100%。对4株GⅡ.2[P16]型全基因组序列进行同源性比较发现毒株之间的同源性为98.5%~99.5%,与GⅡ.2[P16]2016-2017(KY771081)毒株同源性为97.9%~98.2%,进化树处于不同亚分支。RdRp区域氨基酸位点发生T396A和T464A突变,HBGA结合位点保守未发生突变。结论 长沙地区诺如病毒暴发疫情中以GⅡ.2[P16]型突变株传播为主,毒株由GⅡ.2[P16]2016-2017持续传播进化而来,并进化为另一个分支。本地区暴发的诺如病毒疫情主要发生在学校以及幼托机构,应持续加强对诺如病毒的监测。
- 欧新华徐明忠黄政李灵之肖姗姚栋
- 关键词：诺如病毒全基因组序列
- 犬肾细胞培养流感病毒条件的优化被引量：1
- 2023年
- 目的对影响流感病毒细胞分离培养的因素进行优化,得到细胞分离培养流感病毒的最佳方案。方法将4种型别流感毒株接种至犬肾上皮细胞(MDCK),以不同接种量、吸附时间、培养时间以及TPCK胰蛋白酶浓度进行病毒分离培养,以流感病毒红细胞凝集实验的血凝滴度作为指标对流感分离培养结果进行评价分析。结果甲型H1N1流感病毒、季节性流感病毒H3N2、乙型Victoria系流感病毒、乙型Yamagata系流感病毒在培养过程中的最适条件分别为:接种量为200、200、250、300μL/孔,吸附时间为1.5、1.5、2.0、2.0 h,TPCK胰酶浓度为1.0、2.0、2.0、1.5 mg/mL,培养时间为96、72、120、120 h。结论成功对4种亚型流感病毒在MDCK细胞中的培养条件进行了优化,在培养流感病毒时应按照不同型别选取不同的培养条件。
- 裴瑞青欧新华李灵之肖姗黄政叶文
- 关键词：流感病毒血凝滴度MDCK细胞
- 长沙地区1株重组柯萨奇病毒A4基因型的全基因组序列分析被引量：2
- 2021年
- 目的对湖南省长沙市手足口病患儿咽拭子中分离的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株进行全基因组序列及分子进化特征分析。为手足口病的疫情防控提供理论数据支持。方法利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞对2019年6月长沙市常规监测的手足口病病例咽拭子标本进行病毒分离,提取病毒RNA序列进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),并利用Illumina二代测序技术对其进行全基因组序列测定,利用MEGA 6.0构建系统进化树,用BioEdit和Simplot软件进行重组和进化分析。结果手足口病患儿的咽拭子中分离的CV-A4毒株为1株重组毒株,毒株命名为S270/Changsha/CHN/2019(简称S270),序列全长为7454 bp。基于核苷酸序列的进化树结果表明,S270毒株的结构蛋白区域(P1)属于CV-A4分支,非结构蛋白区域(P2和P3)属于CV-A2分支。S270毒株与AY421762株(简称CV-A4代表株)对比,核苷酸序列P1区的同源性为85.05%;非结构蛋白P2和P3区的同源性为83.90%。全基因组氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为84.7%。VP1区氨基酸序列与CV-A4代表株的同源性为83.8%,氨基酸位点出现A55T和M229T两个突变。重组位点分析发现S270毒株全基因组重组位点发生在2B非结构蛋白区域,位于基因组序列位点约3849 bp位置。结论S270分离株属于CV-A4重组毒株,基因重组位点位于2B区内,属于GI基因群的GIB亚型。
- 欧新华黄政姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：基因重组全基因组序列
- 2014—2019年长沙市手足口病病原谱及流行病学特征分析被引量：1
- 2022年
- 目的了解2014—2019年长沙市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原谱构成及流行病学特征,为做好手足口病防控工作提供参考依据。方法2014年1月至2019年12月长沙市手足口病临床诊断病例样本,使用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)方法检测标本中的病毒核酸。用Excel 2007软件分析统计结果。结果2014—2019年共收集样本3569份,手足口病核酸检测阳性样本2463份(阳性率69.01%)。进一步分型结果显示柯萨奇病毒(coxsackievirus,CV)A组16型(CVA16)阳性538份(阳性率15.07%),肠道病毒(enterovirus,EV)A组71型(EV-A71)阳性345份(阳性率9.67%),其他型别肠道病毒阳性1575份(阳性率44.13%),5例病例为CVA16和EV-A71共同感染(阳性率0.14%)。按照病例分类将手足口病样本分为散发轻症、散发重症和聚集性疫情三类,不同病例分类之间的核酸阳性检测结果差异有统计学意义(χ^(2)=146.36,P<0.01)。2014—2019年长沙市手足口病病例样本阳性率多在4—7月和9—11月达到高峰,CV-A16型全年阳性率呈现出隔年升高的周期性趋势,其中EV-A71型下降明显,其他肠道病毒型别有所增加。对于2019年出现的其他型别肠道病毒阳性率双高峰的情况,RT-PCR结果显示优势病原体为柯萨奇病毒A组6型(CVA6)。结论2014—2019年长沙市手足口病的主要致病病原体为CVA16和EV-A71,CVA6有逐渐上升的趋势。应在加强病原监测的同时关注病原谱的变化,掌握手足口病病原体的流行规律,从而更加有针对性地做好手足口病防控措施。
- 叶文欧新华肖姗李灵之裴瑞青扶会媛黄政
- 关键词：手足口病肠道病毒柯萨奇病毒流行病学
- 2013—2021年长沙市流感样病例暴发疫情流行病学特征及病原学特点分析被引量：1
- 2023年
- 目的分析2013—2021年长沙市流感样病例暴发疫情的流行病学特征及病原学特点,为制定流行性感冒(以下简称“流感”)防控策略提供科学依据。方法收集长沙市2013年1月1日—2021年12月31日流感样病例暴发疫情流行病学及病原学资料,对疫情的规模、发生时间、地区、场所和病原监测结果进行描述性分析。结果2013—2021年长沙市共报告163起流感样病例暴发疫情,报告发病病例8504例,平均罹患率为2.60%(8504/326872)。2019年报告数量最多,共81起(49.69%)。2013—2021年报告病例主要集中在冬春季节(11月—12月和1月、3月),构成比为85.89%,浏阳市和长沙县病例数构成比分别为39.26%和23.93%。疫情暴发病例主要发生在中、小学校,共151起(92.64%)。检测病原学标本1265份,阳性率为67.19%。2013—2021年流感阳性疫情154起,仅1种型别单独流行的年份为2015年的A(H3N2)型和2021年的B(Victoria)型,其他有流感疫情报告的年份均为A、B型别交替混合感染。结论2013—2021年长沙市冬春季中、小学校易发生流感样病例暴发疫情,应加强学校流感疫情监测,做到早报告、早隔离,开展学校宣教,提高流感疫苗接种率,使流感疫情得到有效控制。
- 李灵之肖姗裴瑞青黄政叶文姚栋
- 关键词：流感暴发疫情病原学监测流行病学特征
- 新型冠状病毒实验室检测风险识别及风险控制被引量：3
- 2021年
- 2019年12月底湖北武汉暴发新型冠状病毒引起的肺炎,疫情在国内迅速传播。相比SARS-CoV和MERS-CoV,新型冠状病毒传播力更强、更快,实验室检测生物安全要求高,检测人员面临的风险大。对新型冠状病毒实验室检测生物安全风险点进行识别分析与评价,探讨实验室检测过程中生物安全管理要素、操作规范及潜在的生物安全隐患,最大限度的降低风险,保证检测人员、环境及样本安全。
- 姚栋欧新华陈静芳李灵之肖姗徐明忠
- 关键词：新型冠状病毒生物安全
- 长沙市柯萨奇病毒A2型和A5型全基因组序列特征分析
- 2022年
- 目的 了解长沙市柯萨奇病毒A2型(coxsackievirus A2, CV-A2)和A5型(coxsackievirus A5, CV-A5)的序列分子特征及进化趋势。方法 采用二代测序技术获得CV-A2和CV-A5的全基因组序列,进行同源性和进化树分析,使用SimPlot查看毒株序列重组区域。结果 获得长沙市2019年手足口病常规监测病例中CV-A2和CV-A5毒株全基因组序列。CV-A2毒株命名为S281/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 422 bp。CV-A5毒株命名为S272/Changsha/CHN/2019,基因组全长7 425 bp。CV-A2全基因组序列与国内CV-A2毒株进行同源性分析发现,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。CV-A2毒株与原型株Fleetwood(NC038306)相比同源性为79.20%,与湖北省CV-A2毒株(MN419014)同源性最高为95.60%,但非结构蛋白3C和3D区同源性最低,分别为90.51%和92.06%。进化树分析发现3C和3D区位于CV-A4分支。非结构蛋白区新增多个氨基酸突变位点,结构蛋白区氨基酸序列保守。基因重组分析发现CV-A2毒株在3C和3D区存在重组现象。对CV-A5全基因组序列分析发现,与国内CV-A5毒株相比,非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。全基因组序列与CV-A5原型株Swartz(AY421763)相比同源性为80.7%,与澳大利亚毒株(MH111030)相比同源性最高为97.43%,进化树分析发现与MH111030位于同一分支,证明CV-A5为输入型毒株。CV-A5毒株结构蛋白区氨基酸序列保守。结论 长沙市CV-A2毒株为重组毒株,CV-A5毒株为国外输入型。本研究可帮助了解长沙地区CV-A2和CV-A5的全基因组特征,为了解柯萨奇病毒的进化趋势及遗传特征提供理论数据,以便及时有效地阻断疾病传播。
- 徐明忠黄政欧新华姚栋肖姗李灵之叶文
- 关键词：全基因组序列基因重组
- 长沙市2013—2016年HFMD重症病例肠道病毒谱及其基因特征被引量：8
- 2018年
- 目的了解2013年至2016年长沙市手足口重症病例感染柯萨奇病毒A组6型(CAV 6)和柯萨奇病毒A组10型(CAV 10)肠道病毒的流行趋势,并对其VP1基因进化概况进行分析。方法运用描述性统计学分析方法对全市重症手足口病流行病学资料进行整理。CAV 6和CAV 10型肠道病毒阳性咽拭子、肛拭子或粪便标本用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增VP1基因片段,序列比对后用MEGA软件构建进化树。结果 2013—2016年全市共检测111份重症手足口病例标本,肠道病毒阳性标本80份,检出率为72.07%。80份肠道病毒阳性标本中,CAV 6型10株,CAV 10型8株。核苷酸序列的同源性分析发现,CAV 6型肠道病毒核苷酸序列之间存在0.8%~6.6%的差异。CAV 10型肠道病毒核苷酸序列之间存在1.1%~5.6%的变化差异。8株CAV 6型毒株均位于D2分支,1株处于D1分支。6株CAV 10型毒株位于E分支。结论 CAV 6和CAV 10肠道病毒在基因水平并未发生明显突变。重症病例中出现CAV 6型和CAV 10型感染高峰年份,但2016年有所降低,应将CAV 6和CAV 10型肠道病毒纳入常规监测,降低手足口发病风险。
- 杨人贵孙边成欧新华黄政李灵之陈静芳
- 关键词：重症手足口病柯萨奇病毒
- 长沙市活禽市场外环境H9N2监测与患者分离株HA基因序列的比较研究被引量：1
- 2020年
- 目的了解长沙市活禽市场外环境H9N2禽流感病毒(avian influenza viras,AIV)污染情况及病毒血凝素基因(hermagglutinin,HA)的遗传进化和分子特征,并与长沙市分离的2株人感染H9N2毒株相比较。方法采集长沙市活禽市场监测点外环境样本,实时荧光RT-PCR检测禽流感病毒FluA及H5、H9亚型核酸;H9阳性样本采用鸡胚分离毒株,血凝实验及实时荧光RT-PCR鉴定毒株的型别;普通逆转录PCR扩增病毒HA基因全长并测序,生物信息学软件对序列进行比对和遗传进化分析。结果 2015—2017年共采集活禽市场环境样本1 519份, FluA核酸阳性率为78.80%(1 197/1 519);其中H5阳性率为4.34%(66/1 519)、H9阳性率为41.74%(634/1 519)、H5+H9阳性率为20.28%(308/1 519)。3例环境来源和2份人感染H9N2毒株样本HA基因核苷酸序列同源性为96.31%~98.73%,氨基酸同源性为97.02%~99.15%;系统进化树显示,人源与禽源HA基因均属于欧亚分支中的Y280亚群。序列分析结果显示,5株病毒HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病力病毒特征;受体结合位点均出现Q234L突变,具有结合哺乳动物α-2,6唾液酸受体的能力;糖基化位点均为7个;个别氨基酸位点人源与禽源毒株存在差异(第297、510位氨基酸)。结论长沙市活禽市场H9亚型禽流感病毒污染严重,病毒HA基因与从人体中分离的毒株同源性高,存在跨种感染人的风险。
- 徐明忠孙边成张如胜欧新华姚栋李灵之陈静芳
- 关键词：活禽市场HA基因
- 2016年长沙市重组诺如病毒引起的胃肠炎暴发疫情调查被引量：2
- 2018年
- 目的了解2016年长沙市诺如病毒引起的2起胃肠炎暴发疫情特征。方法采集腹泻患者肛拭子或粪便标本,提取核酸后采用实时荧光RT-PCR检测诺如病毒GI/GII型;采用特异性引物分别扩增病毒ORF1、ORF2、ORF1-ORF2连接区,测序后,通过BLAST比对和NoV typing online tool确定病毒基因型别,采用MEGA 5.0软件进行序列比对和系统进化分析。结果两起疫情均发生在幼儿园,患儿均集中在其中一个班级,临床特征以呕吐、腹痛腹泻为主。实时荧光RT-PCR检测共有5份标本为诺如病毒GII型阳性,分子分型显示其中一起疫情2份阳性标本为GII.p12/GII.3重组型,系统进化分析该毒株与中国北京、无锡及日本、泰国等分离的GII.p12/GII.3重组型诺如病毒同源性为94%-99.5%。另一起疫情3株阳性标本为GII.p16/GII.2重组型诺如病毒,分子进化显示该毒株与同时期中国、日本、德国、法国等地暴发流行的GII.p16/GII.2重组型诺如病毒同源性为98%-99.5%。结论 2016年长沙市出现GII型诺如病毒引起的胃肠炎疫情暴发流行,且病毒存在抗原重组,其中GII.p16/GII.2重组型病毒已造成全球范围内的暴发流行,应加强其病原学监测和分析。
- 陈静芳姚栋张如胜欧新华赵锦李灵之孙边成
- 关键词：诺如病毒胃肠炎
