陈静芳
- 作品数：26 被引量：77H指数：5
- 供职机构：长沙市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金湖南省医药卫生科研计划课题长沙市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学经济管理更多>>
- 2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析被引量：8
- 2017年
- 目的了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持。方法对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建。结果从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12%,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33%),H7亚型核酸阳性11份(2.20%),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57%)。部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIV HA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98(F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptor binding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu(L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征。结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要进一步加强监测。
- 张如胜姚栋叶文陈静芳黄政刘晓蕾陈田木欧新华孙边成
- 关键词：禽流感病毒H9N2亚型进化分析
- 2297份临床病例标本SARS-CoV-2核酸检测情况及病毒分子特征分析
- 2021年
- 目的分析2020年1—2月长沙市疾病预防控制中心微生物实验室收集的2 297份新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)核酸检测基本情况和病毒的分子特征。方法对2020年1月19日—2020年2月29日送至长沙市疾病预防控制中心微生物实验室的新冠肺炎疑似病例咽拭子或呼吸道标本提取病毒RNA,采用实时逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction, real-time RT-PCR)进行SARS-CoV-2核酸检测;检测阳性标本用SARS-CoV-2全基因组捕获试剂盒进行SARS-CoV-2核酸富集,采用Illumina Miseq测序平台进行病毒全基因组测序,运用SPAdes-3.13.0软件进行序列拼接。从GISAID数据库中下载SARS-CoV-2参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析。结果共检测临床疑似病例标本2 297份,其中SARS-CoV-2核酸阳性标本215份;阳性病例中,男性110例,女性105例,男女性别比为1.05∶1;40~<60岁年龄组核酸检测阳性率最高(11.35%),6岁以下儿童检出阳性率最低(5.49%)。阳性病例检出高峰为第5周(2020年1月26日—2月1日),后逐渐减少,2020年2月25日后无本土新增病例出现。共获得5条SARS-CoV-2全基因组序列,与武汉参考病毒毒株相比核苷酸突变位点数为4~6个,同源性均在99.90%以上;除C8782T、T28144C 2个突变位点外,其他位点突变仅出现一次,呈现随机性;系统进化分析显示5条序列与同时期国内流行序列高度同源,分属于L/B和S/A 2个基因型。结论通过快速核酸检测和隔离等有效防控措施,长沙市本土SARS-CoV-2的流行在经历约2周的上升期后即开始下降,6周后再无新增确诊病例;全基因组序列分析发现2020年初长沙市流行的SARS-CoV-2与武汉首次报道的病毒高度同源,从输入到本土传播流行期间病毒未出现明显变异。
- 陈静芳徐明忠张如胜欧新华黄政姚栋
- 关键词：新型冠状病毒核酸检测全基因组测序分子特征
- 肠道病毒71型RT-LAMP快速检测方法的建立及初步应用被引量：3
- 2017年
- 目的建立手足口病肠道病毒71型(EV71型)逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)快速检测方法,并对其进行应用评价。方法利用软件针对EV71型病毒特异性基因6个区域设计4条LAMP引物,在普通恒温水箱内65℃保温约1 200min完成RT-LAMP扩增,扩增结果通过电泳和肉眼来判断。利用RT-LAMP和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法同时检测70份EV71型肠道阳性标本;将EV71型的RNA做一系列10倍稀释后用RT-LAMP和RT-PCR方法进行检测来比较两者敏感度。结果 EV71型出现LAMP特征性梯状条带,肉眼可以判断结果;RT-LAMP与RT-PCR方法检测100份EV71型标本的检出率比较差异无统计学意义(P>0.05);RT-LAMP方法的敏感度(10.0pg/μL)与RT-PCR方法相同。结论建立了一个可以在普通恒温水箱内进行核酸扩增的EV71型RT-LAMP检测方法,初步应用证实该方法有一定的应用前景。
- 李莎张如胜陈静芳
- 关键词：环介导等温扩增肠道病毒71型
- 流感、禽流感及肠道病毒的分子检测及进化分析
- 张如胜孙边成陈静芳欧新华姚栋黄政叶
- 该项目自2009年起，先后对季节性流感病毒（甲型H1N1流感、B型流感)、禽流感病毒（H5N1、H7N9、H9N2）和新型肠道病毒(CV-A16、CV-A10)等开展了分子检测及进化分析研究，在国内外率先建立了甲型H1N...
- 关键词：
- 关键词：禽流感病毒
- 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA及NS基因进化分析被引量：4
- 2017年
- 目的分析2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)及非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进化特征。方法从2014年长沙市活禽市场采集501份环境标本,利用Real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,并对单一H5阳性标本进行核苷酸测序,病毒HA、NA和NS基因测序结果进行在线BLAST分析,利用Mega5和Bioedit软件构建核苷酸进化树和氨基酸(Amino acids,aa)比对。结果从501份环境标本中检出A型H5亚型病毒阳性标本177份(检出率35.33%),其中8份标本经核苷酸测序鉴定为H5N1亚型病毒,进化分析表明大部分H5N1病毒HA基因位于2.3.2分支内,聚集形成一个新亚分支,NA及NS基因位于2.3.2.1b亚分支。HA蛋白受体结合位点aa为QSG,表现为禽流感病毒受体特征;NA蛋白未出现H275Y及N295Saa替换,对神经氨酸酶抑制剂敏感;HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为高致病性的分子特征。结论 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA和NS基因表现为高致病性的分子特征,但不具有对人易感的受体特征,需要进一步监测。
- 张如胜孙边成姚栋叶文陈静芳黄政刘晓蕾欧新华陈发明
- 关键词：活禽市场禽流感病毒H5N1亚型基因
- 新型冠状病毒实验室检测风险识别及风险控制被引量：3
- 2021年
- 2019年12月底湖北武汉暴发新型冠状病毒引起的肺炎,疫情在国内迅速传播。相比SARS-CoV和MERS-CoV,新型冠状病毒传播力更强、更快,实验室检测生物安全要求高,检测人员面临的风险大。对新型冠状病毒实验室检测生物安全风险点进行识别分析与评价,探讨实验室检测过程中生物安全管理要素、操作规范及潜在的生物安全隐患,最大限度的降低风险,保证检测人员、环境及样本安全。
- 姚栋欧新华陈静芳李灵之肖姗徐明忠
- 关键词：新型冠状病毒生物安全
- 2010-2012年长沙市流感流行情况及B型流感病毒基因特性分析被引量：1
- 2013年
- 目的分析2010-2012年长沙市流感流行情况,并探讨B型流感病毒分离株血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因的分子流行病学特征。方法采集长沙市流感网络监测哨点医院及暴发点流感样病例（ILI）咽拭子样本,狗肾传代细胞（MDCK）进行病毒分离,血凝和血凝抑制实验进行型别和亚型鉴定;提取B型流感病毒核酸,一步法RT-PCR扩增HA和NA基因片段,双向测定扩增产物核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列进行分析。结果 2010-2012年间,长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,流行高峰为冬春季。3年间共分离到B型流感病毒78株,其中79.5%为Victoria系,20.5%为Yamagata系,以Victoria系为主。与WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,HA基因的同源性在87.2%~98.4%之间,NA基因的同源性在94.5%~97.5%之间。氨基酸序列分析发现,与疫苗株相比,HA蛋白主要存在单个氨基酸的突变;种系进化分析发现,所有毒株HA和NA蛋白位于相应的谱系内,无抗原重排发生。结论 2010-2012年间长沙市甲型H1N1、H3N2、B型流感交替流行,B型流感病毒HA基因出现抗原漂移,但无重组毒株的出现。
- 陈静芳袁洁欧新华宋克云
- 关键词：B型流感病毒血凝素神经氨酸酶
- 志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌LAMP检测方法的建立及应用被引量：5
- 2013年
- 目的建立针对侵袭性质粒抗原H(ipaH)编码基因的环介导等温扩增(LAMP)方法。方法利用LAMP方法对4株志贺菌、1株肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)和20株其他肠道菌DNA在65℃恒温扩增30min或60min后观察结果。结果 4株志贺菌和EIEC可通过肉眼和电泳观察到阳性结果,而其他肠道菌为阴性。LAMP检测特异性与聚合酶链反应(PCR)相似,但敏感性比PCR高10倍。LAMP、PCR检出下限分别为1.2×102、1.2×103CFU/mL。LAMP和分离培养法对70例食物中毒患者和健康者肛拭子标本检测结果符合率为100%。结论 LAMP由于具有快速和无需特殊仪器的优点,可广泛用于肛拭子标本志贺菌和EIEC的检测。
- 张如胜宋克云欧新华陈静芳姚栋苏良孙边成
- 关键词：环介导等温扩增志贺菌属大肠杆菌
- 长沙市2013—2016年HFMD重症病例肠道病毒谱及其基因特征被引量：8
- 2018年
- 目的了解2013年至2016年长沙市手足口重症病例感染柯萨奇病毒A组6型(CAV 6)和柯萨奇病毒A组10型(CAV 10)肠道病毒的流行趋势,并对其VP1基因进化概况进行分析。方法运用描述性统计学分析方法对全市重症手足口病流行病学资料进行整理。CAV 6和CAV 10型肠道病毒阳性咽拭子、肛拭子或粪便标本用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增VP1基因片段,序列比对后用MEGA软件构建进化树。结果 2013—2016年全市共检测111份重症手足口病例标本,肠道病毒阳性标本80份,检出率为72.07%。80份肠道病毒阳性标本中,CAV 6型10株,CAV 10型8株。核苷酸序列的同源性分析发现,CAV 6型肠道病毒核苷酸序列之间存在0.8%~6.6%的差异。CAV 10型肠道病毒核苷酸序列之间存在1.1%~5.6%的变化差异。8株CAV 6型毒株均位于D2分支,1株处于D1分支。6株CAV 10型毒株位于E分支。结论 CAV 6和CAV 10肠道病毒在基因水平并未发生明显突变。重症病例中出现CAV 6型和CAV 10型感染高峰年份,但2016年有所降低,应将CAV 6和CAV 10型肠道病毒纳入常规监测,降低手足口发病风险。
- 杨人贵孙边成欧新华黄政李灵之陈静芳
- 关键词：重症手足口病柯萨奇病毒
- 长沙市活禽市场外环境H9N2监测与患者分离株HA基因序列的比较研究被引量：1
- 2020年
- 目的了解长沙市活禽市场外环境H9N2禽流感病毒(avian influenza viras,AIV)污染情况及病毒血凝素基因(hermagglutinin,HA)的遗传进化和分子特征,并与长沙市分离的2株人感染H9N2毒株相比较。方法采集长沙市活禽市场监测点外环境样本,实时荧光RT-PCR检测禽流感病毒FluA及H5、H9亚型核酸;H9阳性样本采用鸡胚分离毒株,血凝实验及实时荧光RT-PCR鉴定毒株的型别;普通逆转录PCR扩增病毒HA基因全长并测序,生物信息学软件对序列进行比对和遗传进化分析。结果 2015—2017年共采集活禽市场环境样本1 519份, FluA核酸阳性率为78.80%(1 197/1 519);其中H5阳性率为4.34%(66/1 519)、H9阳性率为41.74%(634/1 519)、H5+H9阳性率为20.28%(308/1 519)。3例环境来源和2份人感染H9N2毒株样本HA基因核苷酸序列同源性为96.31%~98.73%,氨基酸同源性为97.02%~99.15%;系统进化树显示,人源与禽源HA基因均属于欧亚分支中的Y280亚群。序列分析结果显示,5株病毒HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病力病毒特征;受体结合位点均出现Q234L突变,具有结合哺乳动物α-2,6唾液酸受体的能力;糖基化位点均为7个;个别氨基酸位点人源与禽源毒株存在差异(第297、510位氨基酸)。结论长沙市活禽市场H9亚型禽流感病毒污染严重,病毒HA基因与从人体中分离的毒株同源性高,存在跨种感染人的风险。
- 徐明忠孙边成张如胜欧新华姚栋李灵之陈静芳
- 关键词：活禽市场HA基因
