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徐秋林: 作品数：12 被引量：41H指数：5; 供职机构：南方医科大学基础医学院基因工程研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金广州市重大科技攻关项目广东省自然科学基金更多>>; 相关领域：医药卫生生物学电子电信更多>>

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CML患者骨髓单个核细胞基因表达谱分析被引量：5: 2005年; 目的探讨慢性髓细胞性白血病(CML)的基因表达变化。方法分别从正常人和CML患者骨髓样品中抽取骨髓单个核细胞,分离出cDNA片段,然后再逆转录成cRNA并标记后,与人的全基因组表达谱芯片杂交,ABI1700芯片分析系统进行分析基因表达谱的差异。结果总共发现差异表达的基因有6706个,其中与CML相关的差异基因有75个(上调19个,下调56个)。结论全基因组寡核苷酸基因芯片在分析基因表达谱差异研究中具有广泛的应用价值。; 王蜀燕郑文岭丁大鹏周珏宇徐秋林石嵘马文丽; 关键词：慢性髓细胞性白血病寡核苷酸基因芯片骨髓单个核细胞 CDNA片段表达谱芯片

GFP质控芯片的初步研究: 2005年; 目的:建立一种质量控制芯片来监测样品标记、杂交和检测过程中的失误。方法:针对GFP基因设计的4条60mer寡核苷酸探针和1条阳性对照探针poly(U)与流感寡核苷酸探针一起打印在DAKO玻片上,并构建了GFP基因的克隆载体和体外表达载体,将从这两种重组载体上获得的绿色荧光蛋白(GreenFluorescentProtein,GFP)基因的RNA、DNA片段和人的全血样品中的DNA用限制性显示技术(RestrictionDisplaytechnology,RD)扩增标记,将标记的样品和荧光标记的通用引物U分别与芯片杂交、检测,并对扫描的结果进行统计分析。结果:GFP探针与相应的样品杂交时出现阳性信号,阳性对照探针在所有的杂交中均出现阳性信号,而空白对照则未检测荧光信号。结论:建立的质控芯片具有较好的敏感性和特异性,可以用于基因芯片中的质量监控。; 徐秋林马文丽李凌石嵘毛向明吴清华郑文岭; 关键词：基因芯片绿色荧光蛋白

黄热病病毒检测基因芯片的研究制备被引量：5: 2005年; 目的制备黄热病病毒寡核苷酸检测芯片。方法根据黄热病病毒基因组序列,并应用生物信息学软件设计出22条寡核苷酸探针用于制备基因芯片。克隆于质粒上的黄热病病毒全长基因经限制性显示技术完成扩增并标记,杂交清洗后对芯片进行扫描和数据分析。结果大部分黄热病病毒寡核苷酸探针检测出阳性信号,阴性对照和空白对照检出阴性信号。结论基因芯片技术为黄热病病毒检测提供了一种早期、快速、可靠的方法。; 张海燕马文丽石嵘李凌吴清华徐秋林温颖郑文岭; 关键词：病毒检测黄热病病毒限制性显示技术寡核苷酸探针全长基因

流感病毒寡核苷酸检测芯片的初步研究: 流行性感冒是一种由流感病毒引起的上呼吸道传染病。流感极易在人群中传播并造成大流行。历史上每一次流感的大流行都会造成成千上万人死亡。流感病毒分为甲、乙、丙三型，甲型流感又包含15个血凝素亚型和9个神经氨酸酶亚型。其中，常引...; 徐秋林; 关键词：流感病毒基因诊断寡核苷酸芯片; 文献传递

三种寡核苷酸芯片片基的比较: 2005年; 将荧光标记的寡核苷酸打印在Corning、多聚赖氨酸包被的DAKO玻片和多聚赖氨酸处理的一种显微镜载玻片上,并按常规方法进行洗脱,通过GenePix4100A扫描并以Genepix6.0软件分析点的大小、荧光强度和背景荧光强度来衡量3种片基的均一性和固定效率,并通过不同浓度梯度的60bp寡核苷酸探针的杂交实验来衡量片基对杂交效率的影响.结果显示,3种片基的均一性都较好,而多聚赖氨酸包被的DAKO和Corn-ing芯片的固定效率和杂交效率优于国产芯片.; 徐秋林马文丽石嵘李凌郑文岭; 关键词：寡核苷酸探针基因芯片杂交

限制性显示技术作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法的初步研究(英文): 2005年; 目的初步研究限制性显示技术(RD-PCR)作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法对芯片杂交信号的影响。方法收集3个健康人外周血单核细胞,提取RNA后分为两组,采用RD-PCR进行样本双色(Cy3/Cy5)荧光标记,与3张Agilent60mer高密度(22K)人1B寡核苷酸芯片进行杂交。排除阴性和阳性对照信号值、Cy3和(或)Cy5的前景与背景间无统计显著性差异点的信号值,进一步排除两种荧光标记间存在统计显著性差异点的信号值,将3张芯片的共同信号值用于分析。SPSS软件进行常规统计分析和作图,R语言环境下的VSN统计包排除芯片间和两种不同荧光标记间的系统误差。结果3张芯片的8744个共同点用于本研究。芯片间及两种荧光标记间存在明显的可校正的系统误差。芯片间杂交信号值相关显著。RD-PCR样本标记方法对较低表达基因信号值较为敏感。结论初步的统计分析结果表明,RD-PCR是一种潜在的有用的高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法。; 莫小阳马文丽李凌石嵘张宝徐秋林张海燕郑文岭; 关键词：限制性显示技术

一种新的基因芯片检测荧光标记技术:通用引物U_2联合标记法被引量：7: 2005年; 目的报告一种新的基因芯片荧光标记技术:通用引物U2联合标记技术(universal primer U2 labeling ,UPL);比较UPL与随机引物等其他标记方法的效率和可重复性。方法流感病毒RNA用四种标记方法处理后与流感病毒寡核苷酸检测芯片杂交,用Spss10.0对杂交结果进行分析。结果UPL方法在标记物杂交的荧光强度、信噪比、探针真阳性率和可重复性等方面均高于随机引物逆转录掺入标记法,而与其他两种RD标记方法相当,但标记过程相对更加简单。结论UPL方法可用于基因芯片研究和应用。; 徐秋林马文丽李凌石嵘郑文岭; 关键词：流感病毒基因芯片

用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制被引量：4: 2005年; 目的研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片。方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(Tm)的Oligo 探针,并制备成Oligo芯片。B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析。结果与结论获得22条60 mer 探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件。; 温颖马文丽李凌吴清华徐秋林张海燕郑文岭; 关键词：HIV PCR

两种标记方法对60mer寡核苷酸芯片背景信号影响的初步分析被引量：2: 2006年; 研究两种不同的样本标记方法对人全基因组高密度60mer寡核苷酸芯片背景信号的影响。收集5对患病与健康人外周血单个核细胞,分别提取总RNA后,采用限制性显示技术(restrictiondisplay,RD)进行样本双色(Cy3/Cy5)荧光标记,与5张Agilent60mer高密度(22K)Human1B寡核苷酸芯片进行杂交。芯片全部杂交点分3组基因探针组、阳性对照组和阴性对照组。阳性对照采用荧光标记寡核苷酸直接掺入法进行标记。对全部杂交信号点的Cy3和Cy5背景信号值,用SPSS软件进行数据转换、正态性检验、方差齐性检验、变异系数分析和重复数据的方差分析。数据分析结果显示,Cy3标记的背景信号值均高于Cy5标记的背景信号值。重复测量数据的方差分析表明,在Cy3和Cy5标记中,两种不同标记方法间的背景信号值的差异极显著(PCy3<0.01,PCy5<0.01),且RD标记点的背景信号平均值低于荧光标记寡核苷酸直接掺入标记法标记的阳性对照点。RD标记方法是一种有用的低背景信号的高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法。; 张亚莉马文丽莫小阳石嵘李凌徐秋林张海燕郑文岭; 关键词：限制性显示技术寡核苷酸芯片

乙型脑炎病毒寡核苷酸基因芯片研究被引量：13: 2005年; 目的:制备检测乙型脑炎病毒寡核苷酸(oligo)基因芯片。方法:应用生物信息学软件设计60-meroligo探针用于制备基因芯片,乙型脑炎病毒(JEV)基因片段经限制性显示技术扩增标记,用于芯片杂交,清洗和干燥后对芯片进行扫描和数据分析。结果:大部分oligo探针都能特异性与相应样品杂交,呈现阳性荧光信号,而阴性对照和空白对照则基本不能检测到荧光信号。结论:实验中建立的oligo基因芯片检测病原体方法可行,具有应用于临床诊断的前景。; 张海燕马文丽李凌吴清华徐秋林温颖郑文岭; 关键词：乙型脑炎病毒寡核苷酸基因芯片限制性显示技术基因芯片检测基因片段阴性对照

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