刘元宁
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：中国科学技术大学信息科学技术学院更多>>
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- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 基于多元方差分析的成对肿瘤SNP array数据分段算法
- 2014年
- 单核苷酸多态性微阵列(SNP array)技术是近年来获得快速发展的一种高通量生物芯片技术,可以有效地对肿瘤细胞中的染色体变异进行检测.本文针对癌症药物治疗前后肿瘤的染色体变异的成对SNP array数据,提出了一种基于多元方差分析二维统计量的全新染色体异常区域分段算法.对模拟SNP array数据的测试表明,该算法可以精确地将成对肿瘤数据异常区域进行分段,其结果明显好于现有的循环二元分割(CBS)算法.同时,ROC性能曲线分析显示本文算法具有较好的抗噪性能.对赫赛汀治疗前后的成对乳腺癌SNP array数据的分析结果显示,该算法可准确地检测出重要致癌基因ERBB2在治疗前后的拷贝数变化.上述结果表明这种基于多元方差分析的算法是一种有效的SNP array数据分析工具.
- 习佳宁刘元宁王明会冯焕清李骜
- 关键词：SNPARRAY肿瘤生物信息学
- 基于SNP数据检测染色体拷贝数结果可信度分析
- 2014年
- 利用SNP数据检测肿瘤细胞染色体拷贝数变异是癌症相关研究的一个热点,目前已有多种方法可以通过分析SNP array数据检测染色体拷贝数。然而在某些情况下,这些检测方法检测结果与真实拷贝数具有一定错误率。目前并没有方法研究预测结果发生错误的规律。本文分别分析了GPHMM,ASCAT两种检测方法结果信息熵与检测正确率的关系,发现检测正确率与信息熵存在很强的相关性。通过对比不同肿瘤细胞比例下信息熵与正确率关系,本文发现随着肿瘤细胞比例的增大,检测结果信息熵平均值增大,方差减小;同时平均检测正确率也越来越大,方差显著减小。这些结果显示信息熵的大小可以反映出检测结果正确率的高低。最后,本文以高肿瘤细胞比例下拷贝数检测结果为例,研究了在变异类型单一,信息熵小的情况下,染色体倍性检测的正确率。结果表明信息熵可以作为衡量检测结果可信度的指标:即信息熵越高,检测结果越可信。
- 刘小成刘元宁夏红王明会李骜
- 关键词：SNPARRAY信息熵拷贝数变异
