陈南
- 作品数：5 被引量：19H指数：2
- 供职机构：北京林业大学生物科学与技术学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生环境科学与工程更多>>
- 基于流式细胞术研究管网水中细菌的稳定性被引量：2
- 2016年
- 为了更准确地研究管网水中细菌的稳定性,利用流式细胞术（Flow cytometry,FCM）和异养菌平板计数法（Heterotrophic plate count,HPC）检测北京市12处管网末梢水中细菌数量,并将两种方法的检测结果进行对比.进一步将FCM应用于细菌的再生长潜能和一天中细菌稳定性的研究中.结果显示,HPC对12处管网水中细菌的检测结果在0-23 CFU/m L间,而FCM测得活细菌数为2.2×10^3-1.6×10^4 cells/m L,细菌总数在22℃下培养7 d能生长到10^6-10^7 cells/m L.一天中不同时间用水量不同,细菌总数也不同.本研究表明,FCM测定方法明显优于HPC法,且能够快速准确地反映细菌的再生长潜能及短时间内细菌的稳定性特征.
- 刘婷婷陈南孔维文王敬琦何晓青
- 关键词：管网水流式细胞术生物稳定性
- 基于esp基因和JCV标记的MST方法在五大流域典型水源地中的应用被引量：1
- 2015年
- 非点源污染目前已经成为影响水体环境的重要污染。微生物源示踪技术(microbial source tracking,MST)是解决非点源污染的一项新技术,它可以确定污染的宿主来源。肠球菌esp基因和多瘤病毒JCV可以作为检测水体中人源粪便污染的分子标记,其灵敏度和特异性都很高。为分析五大流域水源地是否受到人源粪便的污染,对辽河、海河、淮河、长江和黄河五大流域典型水源地水样进行采集和检测,选取人源粪便特异病原微生物肠球菌的esp基因和多瘤病毒JCV建立了相应的MST分子检测方法。结果表明,五大流域的典型水源地采样点均有可能受到了人源粪便的污染,可为当地相关部门提供技术支持和数据参考。
- 王敬琦孔维文刘婷婷陈南杨柏云何晓青
- 关键词：水源地MST
- 体外诱导耐万古霉素金黄色葡萄球菌及分子机制被引量：2
- 2016年
- 【目的】通过前期体外诱导获得耐万古霉素金黄色葡萄球菌,从基因突变方面对万古霉素耐药性菌株进行研究。【方法】通过低浓度万古霉素逐步诱导13株敏感性金黄色葡萄球菌,用琼脂稀释法和E-test法检测所有菌株对万古霉素的耐药性(最低抑菌浓度,MIC),PCR扩增与万古霉素耐药性密切相关的4个重要基因:rpo B、vra S、gra R和gra S,并测序分析,比较诱导前后不同菌株的基因序列。【结果】通过60 d的体外诱导实验,13株对万古霉素敏感性金黄色葡萄球菌中有6株被诱导为中介耐药金黄色葡萄球菌(Vancomycin intermediate Staphylococcus aureus,VISA),7株菌被诱导之后对万古霉素仍处于敏感状态,MIC<4 mg/L。检测诱导前后所有菌株的rpo B、vra S、gra R和gra S基因发现:有3株VISA的rpo B基因同时有L466S和H481N的突变,gra S基因同时有R232K的突变。【结论】对万古霉素敏感的金黄色葡萄球菌经过较长时间的体外诱导可发展为VISA。在已检测的重要基因中,rpo B和gra S的突变对耐药性的发展很可能起关键作用,而vra S和gra R对这一过程没有显著影响。
- 王玉冰李晓丽王伟轩陈南何晓青金一谢响明
- 关键词：金黄色葡萄球菌万古霉素基因突变
- 黄瓜细菌性角斑病PMA-qPCR检测方法的建立和应用被引量：8
- 2016年
- 黄瓜细菌性角斑病为黄瓜常见的一种细菌病害,其致病菌为丁香假单胞菌黄瓜致病型。目前该病在全球范围内已经造成严重的经济损失。针对于PMA染料能够区分细胞死活的特性将其与荧光定量PCR技术结合。(1)通过比对分析Gen Bank中该菌种不同株的gap1基因序列,找出gap1基因的保守区并根据保守区基因序列设计了一对特异性引物Dxf1和Dxr1,以其他5种非丁香假单胞菌基因组为模板进行实时定量PCR扩增,只有丁香假单胞菌有扩增曲线,证明引物非常特异。(2)以gap1基因为目的基因构建其克隆载体,将克隆载体导入到大肠杆菌感受态细胞中进行培养,使其大量复制。再将质粒提取,以提取的质粒作为标准品,根据其浓度将其稀释为5×101-5×107 7个梯度绘制标准曲线,获得的扩增效率为96.6%,并做组内重复和组间重复,变异系数均在2%内,证明标准曲线重复性良好。(3)将构建好的方法用于实际样品的检测,得到的Ct值为27.99,根据标准曲线所得的起始模板与Ct值之间的线性关系公式,检测到100 mg患病叶片中含有的菌体为7.69×102拷贝。研究表明,该方法可以快速鉴定并检测实际样品中的活的致病菌的数量,为黄瓜细菌性角斑病的防控提供技术支持。
- 孔维文李云龙王敬琦刘婷婷陈南金一何晓青
- 关键词：黄瓜细菌性角斑病丁香假单胞菌
- GWAS研究大肠杆菌和金黄色葡萄球菌种间互作进化机制被引量：6
- 2017年
- 【目的】通过实验室培养模拟自然环境微生物相互作用,进而找到影响细菌基因型和表型的基因。【方法】将大肠杆菌和金黄色葡萄球菌在实验室条件下进行单独培养和两两混合培养并连续转接,通过得到的数量表型与最大生长速率表型做全基因组关联分析(GWAS),对得到的与表型相关的SNP进行注释与分析。【结果】162个SNP位点影响到大肠杆菌原始菌株与共培养菌株的生长,36个SNP位点影响大肠杆菌菌株在单独培养和共同培养的生长。总共有85个SNP位点影响金黄色葡萄球菌的原始菌株与单独培养。其中5个基因在之前文献中已有报道。对影响不同时间点细菌数量变化形状的SNP位点进行功能注释,大肠杆菌中有706个与生长性能相关。金黄色葡萄球菌中,129个和不同的生长性能相关。大肠杆菌SNP位点的13个基因在之前的研究中已有报道。【结论】混合培养和单独培养都检测到与生长相关的显著基因,本研究表明了GWAS在研究细菌互作进化机制方面的潜力。
- 陈南朱璟叶梅霞金一何晓青邬荣领
- 关键词：全基因组关联分析
