吴启超
- 作品数：2 被引量：6H指数：1
- 供职机构：四川农业大学动物科技学院更多>>
- 发文基金：四川省应用基础研究计划项目四川省教育厅重点项目四川省科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 钢鹅mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析
- 2018年
- 【目的】探究钢鹅的遗传多样性和系统进化的关系。【方法】参照NCBI上近缘物种线粒体基因组序列设计18对引物,运用DNA克隆和测序技术获得钢鹅mtDNA基因组序列,对其进行生物信息学分析。【结果】钢鹅mtDNA基因组序列总长16 739bp,其中含有22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区域(D-loop区),基因组成及排列顺序与其他鸟类类似,A、T、C和G碱基含量分别为30.18%,22.54%,32.18%和15.10%。tRNAScan-SE Search Server在线软件分析表明,tRNA均是4个恒定臂的三叶草二级结构。对钢鹅mtDNA D-loop区序列的分析发现,其中含有LSP/HSP、ETAS1-2、Goose hairpin、E-box、F-box、D-box、C-box、CSB1-box及CSB-like保守框。用MEGA 6.0采用最大似然法基于D-loop区和线粒体全序列构建进化树,遗传进化分析表明,钢鹅与鸿雁、灰雁的亲缘关系最近。【结论】获得了钢鹅mtDNA全序列,进一步明确了其生物学信息。
- 吴启超谢艾轩刘贺贺李亮宋浪许恒勇白丽丽
- 关键词：MTDNA遗传进化生物信息学分析
- 四川麻鸭mtDNA全序列的克隆和生物信息学分析被引量：6
- 2017年
- 本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列(mtDNA),为该遗传资源的保护与利用提供参考。研究参照近缘物种线粒体基因组序列,用Primer 6.0设计引物16对,采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列。结果表明,四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604bp,碱基组成为A(29.19%)、C(32.82%)、G(15.79%)、T(22.20%),包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区(Dloop区)。使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现,22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构。对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0,采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树,发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近。
- 谢艾轩吴启超李思德罗俊张涛刘贺贺张军何桦
- 关键词：线粒体基因组遗传进化
